Aristarx, а вы чем компилируете финальный вариант? И с какими параметрами? На картах с первых страниц похоже vis вообще не отрабатывал.
У меня zhlt csg с wadinclude, bsp по дефолту, vis с -full, rad с extra и иногда подкручиваю количество отражений на динамическом освещении.
Всегда тестирую карты на software-рендере, чтобы избежать лишних комнат и проверяю noclip'ом, все ли ненужные поверхности вырезаны.